Cocon dépeint la lutte pour la survie d'un groupe directement inspiré de l'escadron Himeyuri composé de jeunes filles enrôlées comme infirmières à Okinawa pendant la Seconde Guerre mondiale. Ces jeunes filles voient leur quotidien d'écolières, déjà chamboulé par la guerre, complètement anéanti lorsque leur travail en tant qu'infirmières commence. L'histoire est centrée sur le personnage de San, entre l'horreur de son quotidien et l'apaisement que lui procurent ses souvenirs des jours de paix relative.