Adaptée des romans éponymes de Philip Pullman, la série se situe dans un monde dominé par le Magisterium, un organisme gouvernemental régi par l'Eglise. Dans cet univers fantastique, chaque être humain possède un Daemon, sorte de créature représentant notre âme et conscience sous forme animale. Lyra, une jeune orpheline rebelle, vit à Jordan College, un des établissements de l'Université d'Oxford. Lorsque son meilleur ami disparaît, Lyra décide de partir à sa recherche. Sa quête la mènera dans les Royaumes du Nord où elle découvrira un complot impliquant des enlèvements d'enfants et des expériences scientifiques secrètes liées à une mystérieuse particule : la Poussière.