Kamui vit à l'époque Edo et fait partie de la classe des non-humains. Décidé à se révolter contre ce système, il devient un ninja. Deux autres garçons croisent sa route : Shosûke, un domestique qui veut être agriculteur indépendant, et Ryûnoshin un guerrier qui deviendra rônin. Chacun à leur façon, ils tracent leur chemin sans se soumettre au système féodal.