Amérique du sud, décembre 1801. L'explorateur Alexander von Humboldt capture le Marsupilami, une créature totalement inconnue, tout en s'emparant de trois de ses œufs. C'est là, en 1931, que Mimi, une petite fille de 7 ans, va faire la rencontre du Marsupilami. Ensemble, ils vont mettre Berlin sens dessus dessous !