Les Boxtrolls sont une communauté souterraine d'adorables et attachantes créatures excentriques qui portent des cartons recyclés comme les tortues leurs carapaces. Les Boxtrolls ont élevé depuis le berceau un petit humain orphelin OEuf, comme l'un des leurs, explorateur de décharge et collectionneur de détritus mécaniques. Ils deviennent soudainement la cible d'un infâme dératiseur Archibald Trappenard qui voit dans sa disposition à éradiquer les trolls son ticket d'entrée au sein de la bonne société de Cheesebridge. La bande de bricoleurs au grand coeur doit alors se tourner vers celui dont ils ont adopté la responsabilité, ainsi qu'une jeune fille de la haute qui n'a pas froid aux yeux, Winnie afin de concilier leurs deux mondes, au gré des vents du changement... et du fromage...