La Team Rocket, avec à sa tête le terrible Giovanni, a semé le chaos à travers l'archipel des Îles Sevii. Leur objectif est un mystérieux POkémon venu de l'espace capable de changer d'apparence: Deoxys. Rouge, Bleu et Verte partent à l'assaut de la Tour Dresseurs pour contrecarrer les terribles plans qui menacent la région de kanto. mais les exactions de Giovanni cachent une motivation toute particulière.