Au XIIè siècle en Andalousie, le philosophe Averroès premier conseiller du sultan, est reconnu pour sa sagesse, sa tolérance et son équité. Mais il doit faire face à des adversaires qui utilisent l'Islam dans leur quête de pouvoir absolu. Ces derniers, à la tête d'une secte fondamentaliste, parviennent à enroler l'un des 2 fils du sultan.