Dix enfants particuliers sont pourchassés par une armée de monstres. Une seule personne pourrait les aider : Miss Peregrine ! Mais elle est prisonnière dans sa forme oiseau... Les enfants particuliers sont désemparés : Miss Peregrine, changée en oiseau, est prisonnière de son état, suite à l'attaque des Estres, des âmes damnées. Ils n'ont plus qu'un espoir : trouver une Ombrune susceptible de redonner à la directrice de l'orphelinat sa forme humaine