L'an 2014, quatorze ans après le Nouvel an sanglant qui plongea le monde dans la terreur et la destruction, Neotokyo est devenue une métropole paisible et prospère attirant des immigrants de tous les horizons. Kanna a atteint l'âge de 17 ans et a découvert un terrible secret. Au milieu de la baie de Tokyo, un prisonnier est toujours vivant dans sa prison-forteresse. Qui pourra l'aider dans son combat?