En sauvant une mystérieuse jeune femme, Lelouch reçoit le pouvoir du Geass. Avec ce don, qui lui permet de manipuler quiconque le regarde dans les yeux, il décide d'aider les japonais à se révolter contre l'Empire Britania et découvrir dans le même temps qui a commandité l'assassinat de sa mère lorsqu'il était enfant. Mais pour arriver à ses fins il doit être prêt à sacrifier même ses amis les plus proches...