En 1964, soeur Aloysius assure avec exigence et ambition la direction d'une honorable école catholique du Bronx. Mais depuis peu, elle se montre extrêmement préoccupée par le comportement du prêtre de la paroisse, le père Flynn. En effet, cet homme a priori sympathique se serait livré à des attouchements sur un garçon noir de douze ans. Soeur Aloysius veut à tout prix éclaircir cette affaire. Mais elle peine à trouver des preuves qui infirmeraient ou confirmeraient la culpabilité de Flynn. Un jour, soeur James lui fait de bouleversantes révélations. Pour la directrice de l'établissement, c'est le début d'un combat acharné contre le présumé pédophile...