Nils Holgersson est un petit garçon qui ne pense qu'à dormir, manger et jouer de mauvais tours. Il vit dans la ferme de ses parents en Scanie, dans le sud du pays. Il aime particulièrement persécuter les animaux, tels que les oies. Un dimanche où ses parents l'ont laissé seul à la maison pour aller au temple, il rencontre un tomte qui, pour le punir de sa méchanceté, le rétrécit, ce qui lui donne la capacité de parler avec les animaux. Au même moment, un jars de la ferme décide d'accompagner un groupe d'oies sauvages dirigé par Akka de Kebnekaise dans leur voyage à travers la Suède. Dans sa tentative pour le retenir, Nils s'envole avec lui