Jimmy Neutron, un petit garçon de dix ans, est un véritable génie. Cependant, il est la risée de l'école, personne ne le comprend. Il s'est même mis ses parents à dos en commettant une expérience de trop dans la maison. Enfermé dans sa chambre, Jimmy Neutron se sent bien seul, et pour cause : des extraterrestres ont enlevé tous les parents. Le lendemain matin, seuls les enfants sont visibles dans les rues de la ville. Ces derniers n'ont d'autre choix que de faire confiance à Jimmy Neutron