Après la mort du roi Harold, Shrek et Fiona sont contraints de régner sur le royaume de Fort Fort Lointain. Toutefois, s'ils peuvent trouver Arthur Pendragon, le digne héritier du trône, et le ramener au royaume, ils pourront retourner vivre dans leur marais. Shrek, l'âne et le chat potté partent donc de leur côté, laissant Fiona seule et enceinte au château sans se douter qu'elle est à la merci d'un coup d'État du prince Charmant qui, bien décidé à régner sur le royaume, supprime, avec l'aide de monstres et de méchants de contes de fées, tous les habitants qui s'opposent à lui