Après une mission périlleuse dans le Japon médiéval, Sakura, Léon et Logan ont prouvé leur valeur et sont devenus des apprentis samouraïs. Mais les trois amis vont très vite être chargés d’une nouvelle quête : réunir les fragments du parchemin du Bushido pour empêcher la disparition de l’esprit des samouraïs. Grâce à leurs anneaux magiques, les apprentis samouraïs sont alors projetés aux quatre coins du monde à la poursuite du précieux parchemin. Malheureusement, ils ne sont pas les seuls : la ninja Tomoe Kamara, animée par le désir de vengeance, est prête à tout pour faire échouer leurs plans. Et l’arrivée d’une nouvelle ennemie pourrait bien tout changer…