Deux ans après la fermeture de Mystère & Cie, Scooby-Doo et ses amis Fred, Daphné, Sammy et Véra se retrouvent sur Spooky Island, appelés sur place par Emile Mondavarious, le maître de l'île, après qu'une multitude d'événements étranges se fut abattue sur le parc d'attractions géant de Spring Break. Mondavarious craint que le site ne soit réellement hanté, et compte sur les 5 compagnons pour stopper la fuite de sa clientèle fortunée...